Viktor Yuşenko 23 Ocak 2005 tarihinde geniş bir uluslararası iştirak ve halk katılımı ile yemin ederek resmen Ukrayna Devlet Başkanı olmuştur. Yuşenko yemin etmesinin ardından oldukça hızlı bir şekilde göreve başlamıştır. Devlet Başkanı ilk iş gününde daha önce de açıkladığı gibi Moskova’ya resmi bir ziyarette bulunmuştur. Ancak Yuşenko Moskova ziyareti öncesinde oldukça tartışmalı bir atama da yaparak Yuliya Timaşenko’yu başbakanlık görevine “vekaleten” atamıştır. Timaşenko’nun resmen başbakan olabilmesi için Verhovnaya Rada’dan (Ukrayna Parlamentosu) güven oyu alması gerekmektedir.

Timaşenko’nun başbakanlık görevine atanması bir çok tartışmayı da beraberinde getirmiştir. 1999-2001 yılları arasında Yuşenko başbakanlığında kurulmuş olan hükümette enerjiden sorumlu başbakan yardımcısı olarak görev yapan ve hakkında bir çok yolsuzluk suçlaması bulunan Timaşenko’nun hakkında Rusya’da da tutuklanma emri bulunmaktadır. Timoşenko, Rus askeri yetililerine rüşvet verme suçuyla Rusya Askeri Başsavcılığı tarafından “kırmızı bülten” ile aranmaktadır. 2002 yılı başlarında yaklaşık 1,5 ay hapis yatan Ukrayna’nın en zengin kadını Timoşenko’ya karşı Ukrayna’dan boru hatlarıyla geçen Rus gazını çalmak ve genelde enerji alanında yolsuzluklarda bulunmak suçlamaları da bulunmaktadır.

Yuşenko’nun hem Moskova’da işbirliği sözü verip ve hem de “yolsuzluklara karıştığı gerekçesiyle” Rusya tarafından “kırmızı bülten” ile aranan birisini, Yuliya Timoşenko’yu Başbakan vekilliği görevine ataması Ukrayna’nın Batı yanlısı yeni devlet başkanının Rusya politikasında ilk ciddi “çelişki” olarak görülebilir. Ancak Yuşenko’nun Timaşenko’yu bu göreve atamasının iç politikaya yönelik bir hamle olduğu düşünülmektedir.

Yuşenko, muhtemelen “artık muhalefet yapmak istemiyorum” diyerek kendisini adeta tehdit eden Timaşenko’yu Verhovnaya Rada’dan güven oyu alamayacağını düşünerek Başbakanlığa atamıştır. Bu durumda Yuşenko, muhalif kader arkadaşı Yuliya Timaşenko karşısında kendisine devlet başkanlığı seçimleri sırasında vermiş olduğu destek karşısında “diyet borcunu” ödemiş olacaktır. Diğer taraftan da muhtemelen Verhovnaya Rada’dan güven oyu alamayacağı hesabına dayanarak bu defa Yuşenko kendi istediği birisini başbakan olarak atayacaktır. Ancak Yuşenko’nun Timoşenko’yu başbakan olarak ataması onun iç politikada Rusya’dan bağımsız hareket etme isteği olarak da okunabilir. Bu arada Yanukoviç başkanlığındaki güçlü muhalefet Verhovnaya Rada’da Yuşenko’nun bu oyununu bozabilir ve Timoşenko’ya güven oyu verebilir.

Diğer yandan Yuşenko seçimlerde kendisine destek veren yandaşlarını iktidara getirmeye başlamıştır. Bu çerçevede Güvenlik Konseyi Sekreterliğine Pyotr Poroşhenko’yu ve Genel Sekreterliğe de Yuşhenko’nun seçim kampanyasını yürüten Aleksandr Şnteşçenko’yu getirmiştir. Yuşenko Moskova’da yaptığı açıklamada, seçimler sürecinde kendisine destek veren diğer figürleri de unutmayacağını ve bu çerçevede Moroz ile Kinah’ı da üst düzey görevlere getireceğini açıklamıştır.

24 Ocak 2004 tarihinde devlet başkanlığının ilk gününde Moskova’ya resmi bir ziyaret için giden Yuşenko Başkan Putin ile görüşmüştür. Seçim sürecinde Kremlin’in aktif bir şekilde Yuşenko’nun rakibi Viktor Yanukoviç’i desteklemesi Yuşenko ile Kremlin’in arasını ciddi bir şekilde açmıştı. Ancak görünürde olsa bile iki liderin bazı konularda anlaşma sağladıkları görülmektedir. Zira Yuşenko tarafından başbakanlığa atanan Timoşenko hakkında Rusya’da tutuklama emri bulunmaktadır ve Putin şimdi bu emrin kaldırıldığını ilan etmiştir. Putin açıklanmasında Timoşenko’nun başbakan olarak atanmasını sorun etmeyeceklerini söylemiştir.

Viktor Yuşenko, Moskova ziyaretinde Rusya'yı 'ebedi stratejik ortak'' olarak nitelendirmiştir. Kremlin Sarayı'ndaki görüşmede yaptığı açıklamada, 'Bu ziyaret ilişkilerimizdeki büyük saygının bir işaretidir. Rusya, Ukrayna için ebedi bir stratejik ortaktır'' diye konuşmuştur. 'Rusya'nın ebedi stratejik ortakları olduğu konusunda ikna olduklarını'' belirten Yuşenko, ''Eğer Ukrayna için istikrarlı bir gelecek istiyorsanız, bu konudan sadece bahsetmemelisiniz, aynı zamanda ikna olmalısınız'' demiştir.

Rusya ziyaretinin asıl amacının iki ülke ilişkilerini daha da iyi seviyeye getirmek olduğunu ifade eden Yuşenko, '2005 yılında iki ülke arasında yapılabilecek işbirliğinin çerçevesini belirleyelim. Bu yılın görevlerini başarıyla yerine getirebilirsek, gelecek için planlarımızı da görüşebiliriz'' açıklamasında bulunmuştur. Yuşenko, Putin'e, Moskova'ya davetinden dolayı teşekkür ederek, 'Davetiniz için teşekkür ederim ve tebrikleriniz de benim için çok önemli'' demiştir. Putin de, konuşmasında, Yuşenko'nun devlet başkanlığı yemin töreninin ardından ilk ziyaretini Moskova'ya yapmasının ''iyi bir işaret'' olduğunu belirterek, ''Bu iyi bir işaret. İyi ve hoş bir işaret'' diye konuşmuştur.

Batı yanlısı Yuşenko’nun Ukrayna’da devlet başkanı seçilmesiyle Ukrayna’nın Türkiye’nin AB macerasında sorun oluşturabileceği ve Kiyev’in Ankara’dan daha önce AB’ye üye olabileceği tartışmaları yapılmaya başlanmıştır. Yemin töreninde yaptığı konuşmada, ülkesinin yerinin Avrupa Birliği olduğunu söyleyen Yuşenko,  Rusya ziyaretinin ardından dört günlük Avrupa gezisine başlamıştır. Strasbourg'a giderek Avrupa Konseyi'nde temaslarda bulunacak olan Yuşenko, buradan Brüksel'e geçerek Perşembe günü Avrupa Parlamentosu'da bir konuşma yapacaktır. Bu konuşmasında Ukrayna'yı Avrupa Birliği üyeliğine hazırlamak için beş yıllık bir eylem planı sunulması beklenmektedir.

Seçim süreci ve sonrasında, Avrupa Birliği'nden son derece sıcak mesajlar ve destek alan Yuşenko’nun Ukrayna’yı AB’ye üyelik için mücadele edeceği ancak bunun çok zor bir süreç olacağı da bilinmektedir. Türkiye’den çok daha sonra müracaat eden ülkeleri kolay bir süreçten sonra birliği alan AB’nin Türkiye bu tür sürprizler yaptığı bilinmekle beraber Ukrayna’nın AB üyelik isteğinin Türkiye’den çok daha sonra görüşülebileceği öngörülmektedir.